Windows での設定になります。
SourceTree の外部 Diff で WinMerge を使用できるようにする。
.gitconfig を以下のように編集。

[diff]
	tool = winmerge
[difftool "winmerge"]
	path = C:/Program Files/WinMerge/WinMergeU.exe
	cmd = \"C:/Program Files/WinMerge/WinMergeU.exe\" -r -u \"$LOCAL\" \"$REMOTE\"

WinMerge のパスはインストールしたパスに応じて変更。

あとは、SourceTree の【ツール】＞【オプション】＞【Diff】で「外部 Diff ツール」が【システム標準】になっていることを確認。
これで外部 Diff を起動すると WinMerge が開くはずです。