Windows での設定になります。
SourceTree の外部 Diff で WinMerge を使用できるようにする。
.gitconfig を以下のように編集。
.gitconfig
[diff] tool = winmerge [difftool "winmerge"] path = C:/Program Files/WinMerge/WinMergeU.exe cmd = \"C:/Program Files/WinMerge/WinMergeU.exe\" -r -u \"$LOCAL\" \"$REMOTE\"
WinMerge のパスはインストールしたパスに応じて変更。
あとは、SourceTree の【ツール】>【オプション】>【Diff】で「外部 Diff ツール」が【システム標準】になっていることを確認。
これで外部 Diff を起動すると WinMerge が開くはずです。