Windows の場合について。
シンボリックリンクをオフにするオプションを付けて試してみる。

npm install --no-bin-links

それでも以下のようなエラーが出る場合

npm ERR! path /var/www/production/node_modules/socket.io/node_modules/engine.io-client/package.json.2873861091
npm ERR! code ENOENT
npm ERR! errno -2
npm ERR! syscall open
npm ERR! enoent ENOENT: no such file or directory, open '/var/www/production/node_modules/socket.io/node_modules/engine.io-client/package.json.2873861091'
npm ERR! enoent This is related to npm not being able to find a file.
npm ERR! enoent
 
npm ERR! A complete log of this run can be found in:
npm ERR!     /root/.npm/_logs/2019-09-09T01_55_41_348Z-debug.log

Docker コンテナでマウントされているディレクトリで npm install を実行しているのが原因かもしれない。
以下、行った対処法。
１．マウントされているディレクトリより上の階層に temp ディレクトリを作成
２．package.json と package-lock.json を temp に移動
３．npm install –no-bin-links を実行
４．node_modules と package.json、package-lock.json を元々インストール予定だったディレクトリに移動

mkdir /var/www/temp
mv package* /var/www/temp/
cd /var/www/temp
 
npm install --no-bin-links
 
mv node_modules/ /var/www/production/
mv package* /var/www/production/